เอทิล 4,6-ไดคลอโรไพริมิดีน-5-คาร์บอกซิเลต ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนาสารออกฤทธิ์ทางเภสัชกรรม (APIs) มีบทบาทสำคัญในการผลิตอนุพันธ์ไพริมิดีน ซึ่งจำเป็นสำหรับการสร้างสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านไวรัส ต้านมะเร็ง และต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความตอบสนองทางเคมีและโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อนในเคมีทางการแพทย์และเคมีเกษตร