4,6-Dichloro-5-iodo-2-methylpyrimidine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพและยารักษาโรค มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหรือ intermediate ในการผลิตสารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น เช่น ยาต้านไวรัสหรือสารต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในกระบวนการวิจัยและพัฒนายาเพื่อศึกษาประสิทธิภาพและกลไกการทำงานของสารใหม่ๆ ในทางเคมีอินทรีย์ สารนี้ยังมีบทบาทสำคัญในการสร้างพันธะคาร์บอน-ไอโอดีน ซึ่งเป็นขั้นตอนสำคัญในหลายๆ ปฏิกิริยาเคมี