2-Methoxypyrimidine ใช้หลักในการเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตรต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นตัวกลางสำคัญในการผลิตส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) สำหรับยาที่รักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง การอักเสบ และโรคติดเชื้อ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายับยั้งคินาส ซึ่งสำคัญต่อการบำบัดมะเร็ง นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งช่วยในการป้องกันพืชและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร ความหลากหลายของสารนี้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังทำให้มีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับสร้างโพลิเมอร์และสารเคลือบพิเศษ