2-Methylpyrimidine-4-carbonitrile ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลที่มีทั้งกลุ่มไนไตรล์และวงไพริมิดีน ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยารักษาโรคทางระบบประสาท นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีเพื่อการวิจัยทางวิทยาศาสตร์ เพื่อศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางเคมีต่าง ๆ ที่เกี่ยวข้องกับวงไพริมิดีน ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในสารชีวโมเลกุลหลายชนิด