2-Bromo-5-iodopyrimidine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านเคมีอินทรีย์และการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน เช่น การสร้างสารตั้งต้นสำหรับการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างที่มีทั้งโบรมีนและไอโอดีนทำให้มันเป็นสารกลางที่มีปฏิกิริยาสูง สามารถใช้ในการทำปฏิกิริยาคัพปลิง (coupling reactions) เช่น ปฏิกิริยา Suzuki-Miyaura หรือปฏิกิริยา Sonogashira เพื่อสร้างสารประกอบไพริมิดีนที่หลากหลาย นอกจากนี้ยังใช้ในการศึกษาวิจัยทางเภสัชวิทยาเพื่อพัฒนายาใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูง