2-Chloro-6-methylpyrimidine-4,5-diamine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายการติดเชื้อแบคทีเรีย เนื่องจากเป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับยาปฏิชีวนะบางชนิด นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการปรุงสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งช่วยในการควบคุมศัตรูพืชและวัชพืชในพื้นที่เกษตรกรรม คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์อินทรีย์ สามารถสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม