2-Chloro-6-methylpyrimidine-4-carbonitrile ถูกนำไปใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีทางเภสัชวิทยาและสารกำจัดศัตรูพืช โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาและสารเคมีทางการเกษตร เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความสามารถในการทำปฏิกิริยาและปรับเปลี่ยนได้ง่าย ทำให้เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังอาจถูกใช้ในการวิจัยและพัฒนาสารเคมีใหม่ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติและประสิทธิภาพในการใช้งานต่างๆ ในอุตสาหกรรมเคมี