สารเคมีนี้ถูกใช้หลัก ๆ เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่ซับซ้อนมากขึ้น โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี โครงสร้างของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าในการสร้างส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) และโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่น ๆ มันมักถูกใช้ในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยแกนไพรีมีดีนมีบทบาทสำคัญในการกำหนดเป้าหมายเส้นทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ กลุ่มฮาโลเจนและเมทอกซี่ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้นักเคมีสามารถปรับแต่งสารประกอบสำหรับการประยุกต์ใช้เฉพาะในงานค้นคว้ายาและวิทยาศาสตร์วัสดุ ความหลากหลายของมันยังขยายไปถึงการวิจัย โดยใช้ในการศึกษาอะนาล็อกนิวคลีโอไซด์และสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกอื่น ๆ