เอทิล 2-คลอโร-5-ฟลูออโรไพริมิดีน-4-คาร์บอกซิเลต ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรมต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการพัฒนายา โดยเฉพาะยาที่มุ่งเป้าไปที่กิจกรรมต้านไวรัสและต้านมะเร็ง สารประกอบนี้มักใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อนำเสนอแกนไพริมิดีน ซึ่งเป็นลวดลายทั่วไปในโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลายชนิด นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมสารเคมีเกษตร สนับสนุนการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ ทำให้ผู้วิจัยสามารถปรับให้เหมาะสมสำหรับการใช้งานเฉพาะในเคมียาและการค้นพบยา