4-Bromo-2-chloropyrimidine ถูกใช้อย่างแพร่หลายเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี มันทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการพัฒนาสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาและสารกำจัดศัตรูพืช กลุ่มบรอมและคลอโรที่มีปฏิกิริยาสูงช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกได้ ทำให้มีคุณค่าในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โดยโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มคุณสมบัติทางรักษา ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่วิทยาศาสตร์วัสดุ ซึ่งใช้ในการสร้างสารเคมีพิเศษและวัสดุขั้นสูง