2-Amino-4-iodo-6-methoxypyrimidine ถูกใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่ biologically active ต่างๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อสร้างยารักษาที่มีศักยภาพ โดยเฉพาะในด้านมะเร็งวิทยาและการบำบัดต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างสารประกอบ heterocyclic ที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นต่อเคมียารักษาในการออกแบบตัวแทนบำบัดใหม่ๆ ส่วน iodine ในโครงสร้างทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่าในการ functionalization เพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยา cross-coupling ซึ่งเพิ่มความยืดหยุ่นในการค้นพบยา