2-Bromo-4,6-dichloropyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกเฉพาะได้ ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ยังใช้ในการผลิตวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างสำหรับสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์ที่พึงประสงค์ ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับนิวคลีโอไฟล์ทำให้มีประโยชน์ในการทำปฏิกิริยาครอส-คัปพลิง เพื่ออำนวยความสะดวกในการสร้างห้องสมุดสารเคมีที่หลากหลายสำหรับการค้นพบยาและการวิจัยวิทยาศาสตร์วัสดุ