2-(Methylthio)-5-nitropyrimidine เป็นสารเคมีที่มักใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาส่วนประกอบที่ใช้งานได้หลากหลาย โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพต้านแบคทีเรีย ต้านเชื้อรา และต้านไวรัส นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษากลไกและปฏิกิริยาเคมีที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์ไพรีมีดีน การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการผลิตสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ซึ่งช่วยในการพัฒนาตัวแทนป้องกันพืชที่มีประสิทธิภาพ