2,4-Bis(benzyloxy)pyrimidine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น มันทำหน้าที่เป็นสารกลางในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสร้างอนุพันธ์นูคลีโอไซด์ ซึ่งมีความสำคัญต่อยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง กลุ่มเบนซิโลกซีของมันให้ chứcการป้องกันในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเฉพาะเจาะจงต่อวงแหวนไพรีมีดีนได้ สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยที่มุ่งเน้นการออกแบบวัสดุใหม่ที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์เฉพาะ เช่น เซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์หรือไดโอดกำเนิดแสง (LEDs) นอกจากนี้ยังมีบทบาทในการศึกษาการโต้ตอบของโมเลกุลและเส้นทางชีวเคมี ช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่