2,4-Dichloro-6-isopropylpyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีต่างๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและสารกำจัดศัตรูพืช ในด้านเภสัชกรรม สารนี้มักถูกนำไปใช้ในการผลิตยาต้านไวรัส ยาต้านมะเร็ง และยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างของมันช่วยในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพสูง นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารป้องกันเชื้อราในภาคการเกษตร ซึ่งช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคพืชและเพิ่มผลผลิตทางการเกษตร