2,4-ไดคลอโร-5-ไอโซโพรพิลธีอีโน[2,3-d]ไพรีมีดีน ถูกนำมาใช้หลักๆ ในด้านการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญสำหรับการพัฒนายาต่างๆ โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ สารเคมีนี้มักถูกใช้ในการวิจัยเคมียารักษาเพื่อออกแบบและสังเคราะห์ยาใหม่ โดยเฉพาะยาที่เล็งเป้าไปยังโรคเช่น มะเร็ง การอักเสบ หรือโรคติดเชื้อ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ที่มีประสิทธิภาพดีขึ้น ความหลากหลายในการเกิดปฏิกิริยาทางเคมีทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าแก่ผู้วิจัยที่สำรวจแนวทางบำบัดและเกษตรกรรมใหม่