2,4-Dichloro-6-(methyl-d3)-pyrimidine ใช้หลักแล้วในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรมในฐานะสารประกอบที่มีฉลากสำหรับการติดตามและศึกษากลไกทางเมแทบอลิซึม กลุ่มเมทิล deuterated ทำให้มีค่าสำคัญในการศึกษาด้วย mass spectrometry และ nuclear magnetic resonance (NMR) ซึ่งช่วยให้สามารถวิเคราะห์การเมแทบอลิซึมของยาและปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลได้อย่างแม่นยำ นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์อนุพันธ์ deuterated ของโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรม เพื่อช่วยในการพัฒนายาใหม่ที่มีความเสถียรและประสิทธิภาพดีขึ้น