2,4,6-Trichloro-5-isopropylpyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีต่าง ๆ โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรม ในด้านเภสัชกรรม มันถูกนำมาใช้ในการผลิตยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ ส่วนในด้านเกษตรกรรม สารนี้ใช้เป็นสารกลางในการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารกำจัดวัชพืช ช่วยเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคและศัตรูพืชในพืชผล นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์อื่น ๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น