ใช้เป็นตัวกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะยาที่มีโครงสร้างพื้นฐานเป็นพิริมิดีน ซึ่งแสดงฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ต้านไวรัส ต้านมะเร็ง และต้านจุลินทรีย์ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงทางเคมีได้ ซึ่งมีคุณค่าในการพัฒนายาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยทางเคมีเกษตรเพื่อออกแบบสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากสามารถรบกวนเส้นทางการเมแทบอลิซึมในศัตรูพืชและวัชพืช นอกจากนี้ ยังเป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสีย้อมและวัสดุฟังก์ชันนัล โดยที่วงแหวนเฮเตอร์โรไซคลิกอะโรมาติกมีส่วนช่วยในคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์และเลนส์