ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยารักษามะเร็ง โครงสร้างของมันสนับสนุนการก่อตัวของอนุภาคนูคลีโอไซด์อนุโลม์ ซึ่งสามารถรบกวนการจำลองแบบของไวรัสหรือขัดขวางการเผาผลาญของเซลล์มะเร็ง ใช้อย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาตัวสมัครที่ขึ้นอยู่กับพีรีมีดีน นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่เนื่องจากโครงสร้างชีวภาพที่ใช้งานได้ ทำหน้าที่เป็นบล็อกการก่อสร้างในเคมีแบบรวมสำหรับการคัดกรองความเร็วสูงของสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ