ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาในกลุ่มซัลฟาและตัวยาเภสัชอื่นๆ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารต้านจุลชีพและสารต้านการอักเสบ กลุ่มซัลโฟนิลฟลูออไรด์ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาเลือกสรรกับนิวคลีโอไฟล์ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาในการสร้างพันธะซัลโฟนาไมด์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากแกนพิริมิดีนเลียนแบบโมเลกุลทางชีวภาพในเส้นทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในเคมีคอมบิเนตอเรียลและการค้นพบยาสำหรับสร้างห้องสมุดสารประกอบที่หลากหลาย