ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันสนับสนุนการปรับเปลี่ยนสำหรับอนุพันธ์นิวคลีโอไซด์ ซึ่งสามารถรบกวนการจำลองตัวของไวรัสหรือการสังเคราะห์ดีเอ็นเอในเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) เนื่องจากแกนไพรีมีดีนที่ถูกฮาโลเจน ทำให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาครอสคัปเปลิง