ใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในขั้นตอนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างพิริมิดีน ซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในสารชีวภาพหลายชนิด เช่น ยาต้านจุลชีพ ยาต้านไวรัส และสารกำจัดศัตรูพืช ทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้น (intermediate) ในการเติมหมู่ฟังก์ชันอื่นๆ เช่น หมู่อะมิโน หรือหมู่อัลคอกซี เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยและพัฒนายาใหม่ เนื่องจากหมู่คลอไรด์ที่ตำแหน่ง 4 และ 6 มีความสามารถในการทำปฏิกิริยาแทนที่ได้ง่าย ส่งผลให้สามารถปรับเปลี่ยนโครงสร้างได้หลากหลาย