ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในยาฆ่าแมลงและสารเคมีเกษตรสำหรับสร้าง herbicides และ pesticides เนื่องจากมีหมู่ฟังก์ชันที่ทำปฏิกิริยาได้ โครงสร้าง chloropyrimidine ช่วยให้ปรับเปลี่ยนได้ง่ายในการสังเคราะห์อินทรีย์ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนกว่า ยังใช้ในงานวิจัยสำหรับออกแบบสารประกอบชีวภาพใหม่ที่มีศักยภาพต้านไวรัสหรือต้านการอักเสบ