ใช้เป็นสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษามะเร็ง ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาเนื่องจากความสามารถในการสร้างโครงสร้าง heterocyclic ที่เสถียรซึ่งสามารถโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพได้ ใช้อย่างแพร่หลายในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญที่ใช้งานได้ (APIs) โดยแกน pyrimidine ช่วยเพิ่มความถี่การจับกับเอนไซม์และตัวรับ นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในงานวิจัยด้านเคมีเกษตรเพื่อออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความเลือกสรรและประสิทธิภาพที่ดีขึ้น