ใช้ในการสังเคราะห์สารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการรักษาแบบมุ่งเป้าในมะเร็ง เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในเคมียารักษาโรค เนื่องจากสามารถสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกที่เสถียรซึ่งโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพ ใช้บ่อยในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) โดยที่แกนไพรีมีดีนช่วยเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับกับเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางส่งสัญญาณในเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีความเลือกสรรและโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น การแทนที่ด้วย isopropyl และ chloro-methyl ช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ สนับสนุนการปรับแต่งคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ในออกแบบยา