ใช้ในอุตสาหกรรมการผลิตสารเคมีเฉพาะทาง โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างไตรอะมิโนไซโตซีน ซึ่งมีบทบาทสำคัญในงานวิจัยด้านยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง สารนี้ทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้น (precursor) ในการสร้างสารอนุพันธ์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยสามารถนำไปปรับเปลี่ยนโครงสร้างได้หลากหลายผ่านปฏิกิริยาการแทนที่ของหมู่คลอไรด์ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยด้านชีววิทยาโมเลกุลเพื่อศึกษาการทำงานของเอนไซม์ที่เกี่ยวข้องกับการเมธิลเลชันของดีเอ็นเอ หรือการซ่อมแซมดีเอ็นเอในเซลล์