ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของสารนี้ช่วยให้สามารถจับติดกับบริเวณออกฤทธิ์ของเอนไซม์ได้อย่างเลือกสรร เนื่องจากมีหมู่โบรมีนที่ตำแหน่ง 5 และเมธิลซัลโฟนิลที่ตำแหน่ง 2 บนโครงสร้างไพรีมีดีน-4-เอมีน ทำให้มีคุณค่าในการค้นคว้ายา นิยมใช้ในปฏิกิริยาครอส-คัปปลิ้งเพื่อนำหมู่ไพรีมีดีนเข้าไปในโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ที่มีประสิทธิภาพและความเลือกสรรที่ดีขึ้น