ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสและสารต้านไวรัส ลักษณะการแทนที่ด้วยฮาโลเจนของมันช่วยให้สามารถทำปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างระบบเฮเตอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการเตรียมส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ที่ต้องการโครงสร้าง pyrimidine นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสารเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากความไวต่อปฏิกิริยาและความยืดหยุ่นทางโครงสร้าง