ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสสำหรับการรักษามะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถดัดแปลงได้อย่างเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นิยมใช้ในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างยาต้นแบบที่ขึ้นอยู่กับพิริมิดีนที่มีคุณสมบัติต้านไวรัสและต้านมะเร็ง ยังใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงชนิดใหม่ เนื่องจากระบบอะโรมาติกที่ขาดอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มการจับกับเอนไซม์เป้าหมาย โครงสร้างที่มีวงพิริมิดีนและหมู่ไซยาโนทำให้มีศักยภาพในการทำปฏิกิริยากับเป้าหมายทางชีวภาพได้หลากหลาย จึงนิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารต้นแบบ (lead compound) สำหรับการค้นคว้ายาใหม่ รวมถึงยาต้านจุลชีพและสารยับยั้งเอนไซม์