ใช้เป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งคินาสและยาต้านไวรัส โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันแบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าต่อการสร้างระบบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนซึ่งพบในโมเลกุลยาที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา นิยมใช้ในปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงเพื่อนำแกนไพรีมีดีนเข้าไปในสารประกอบชีวภาพขนาดใหญ่ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยด้านเกษตรเคมีสำหรับการออกแบบยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ เนื่องจากความเสถียรและโปรไฟล์การตอบสนองทางเคมีของมัน