ใช้เป็นสารเคมีกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะสารกำจัดวัชพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมในการพัฒนาแซงคลอรีนไพรีมีดีน (chlorinated pyrimidine derivatives) ซึ่งมีกิจกรรมทางชีวภาพในการป้องกันพืช นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยาเภสัชภัณฑ์ที่ต้องการโครงสร้างไพรีมีดีน โดยเฉพาะในยาต้านไวรัสและยาต้านจุลินทรีย์ ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยสำหรับการสร้างระบบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้นผ่านปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกหรือการควบแน่น