ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase สำหรับการบำบัดมะเร็งแบบกำหนดเป้าหมาย โครงสร้างสแคฟโฟลด์พิริมิดีน-พิเพอริดีนช่วยในการจับกับจุดออกฤทธิ์ของเอนไซม์เฉพาะเจาะจง เพิ่มความเลือกสรรและความแรง ใช้บ่อยในงานวิจัยเพื่อปรับปรุงยาตัวสมัครให้มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพที่ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมอนุพันธ์สำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ในเคมียา