4,6-Diiodo-2-methylpyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในด้านการสร้างโมเลกุลที่มีความซับซ้อน เช่น ยาและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ สารนี้มักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่มีไอโอดีนเป็นส่วนประกอบ ซึ่งมีประโยชน์ในด้านการพัฒนายาต้านมะเร็งและสารต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการเกิดพันธะเคมีของสารประกอบไพริมิดีนอีกด้วย