4,6-Dimethoxy-5-nitropyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้หลัก ๆ ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะสารกลางสำคัญในการผลิตสารประกอบเภสัชกรรมต่าง ๆ มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนาอนาล็อกนิวคลีโอไซด์ ซึ่งจำเป็นสำหรับการวิจัยยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง โครงสร้างไนโตรไพรีมีดีนของมันทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนในเคมียารักษา นักวิจัยยังใช้มันในการศึกษากลไกการยับยั้งเอนไซม์ ซึ่งมีส่วนช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่