ใช้หลัก ๆ ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารกลางในการสังเคราะห์ยาต่าง ๆ มีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านแบคทีเรีย โดยเฉพาะในการสร้างสารประกอบที่เล็งเป้าไปยังเอนไซม์หรือโปรตีนเฉพาะในพยาธิ นอกจากนี้ ยังใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อเตรียมอนุพันธ์ไพรีมีดีนที่ซับซ้อนมากขึ้น ซึ่งมักถูกสำรวจเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงสารเคมีเกษตร ที่ซึ่งทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการผลิตยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืช