4,6-Dichloro-2-fluoropyrimidine ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการฟังก์ชันนาไลเซชันเพิ่มเติมได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพแบบกำหนดเป้าหมาย นอกจากนี้ ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในงานวิจัยเคมีเกษตรสำหรับการออกแบบสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง ความสามารถในการทำปฏิกิริยากับนิวคลีโอไฟล์ช่วยให้สามารถสร้างอนุพันธ์ที่หลากหลาย ซึ่งถูกสำรวจสำหรับการประยุกต์ใช้ทาง درمانیและการเกษตรที่มีศักยภาพ