2-Chloro-N-methylpyrimidin-4-amine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่มีความซับซ้อน มันมักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตยาชนิดต่าง ๆ เช่น ยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างโมเลกุลที่มีไพริมิดีนและคลอรีนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่แม่นยำในการสร้างสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยและพัฒนายาใหม่ ๆ เพื่อศึกษาคุณสมบัติทางเคมีและชีวภาพที่อาจเป็นประโยชน์ต่อการรักษาโรคต่าง ๆ