2-Chloro-4-methyl-6-(methylthio)pyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้หลักly เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรต่างๆ โดยเฉพาะยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง สารนี้มีบทบาทสำคัญในการผลิตสารประกอบที่มุ่งเป้าไปที่การควบคุมวัชพืชและการปกป้องพืชผล ส่งเสริมผลผลิตทางการเกษตร นอกจากนี้ ยังใช้ในการพัฒนาสารกลางทางเภสัชกรรมบางชนิด ซึ่งมีส่วนช่วยในการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานได้ในยา การประยุกต์ใช้ในสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการเตรียมอนุพันธ์ไพรีมีดีนอื่นๆ ซึ่งมีคุณค่าในการวิจัยและเคมีอุตสาหกรรม