สารนี้ใช้หลัก ๆ ในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของสารมีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างยาที่มีศักยภาพในการต้านมะเร็งและต้านไวรัส โดยส่วนของฟลูออโรไพริมิดีนมีบทบาทสำคัญในการเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา นอกจากนี้ ยังใช้ในการออกแบบตัวยับยั้งเอนไซม์ โดยอาศัยความสามารถในการโต้ตอบกับเป้าหมายโปรตีนเฉพาะ รูปแบบไฮโดรคลอไรด์ของสารช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียร ทำให้เหมาะสมสำหรับการใช้ในสูตรทดลองและการศึกษาค้นคว้ายา