4-Chloro-6-fluoropyrido[3,4-d]pyrimidine เป็นสารเคมีที่ใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ มักถูกนำมาใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ เช่น มะเร็ง เนื่องจากโครงสร้างของมันสามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางโรค นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาการนำสารนี้ไปใช้ในการพัฒนายาต้านจุลชีพหรือสารต้านการอักเสบ เนื่องจากคุณสมบัติทางเคมีที่สามารถออกฤทธิ์ต่อเป้าหมายเฉพาะได้อย่างแม่นยำ