2-Chloropyrido[2,3-d]pyrimidine ใช้หลักๆ ในงานวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างตัวยับยั้งคินาส ซึ่งจำเป็นสำหรับการรักษามะเร็งและโรคอักเสบ นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ โครงสร้างที่หลากหลายของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์สุดท้าย