6-Methylpyrido[2,3-b]pyrazine ใช้ในงานวิจัยทางเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาใหม่ โดยเฉพาะในการศึกษาสารประกอบที่มีศักยภาพต้านมะเร็ง มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลซับซ้อนที่เล็งเป้าไปยังเส้นทางชีวภาพเฉพาะ นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจใช้ในการพัฒนาวัสดุสำหรับอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ ซึ่งสามารถส่งผลต่อการนำไฟฟ้าและความเสถียร การประยุกต์ใช้ในงานวิจัยเกษตรเคมีก็ได้รับการบันทึกไว้ โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่