3-Acetyl-6-(methyl-d3)-pyridine ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์สารที่มีฉลากสำหรับการวิจัยในเภสัชวิทยาและชีวเคมี โดยเฉพาะในการศึกษาการเผาผลาญยาและเภสัชจลนศาสตร์ สารนี้ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการเตรียมอนุพันธ์ยาที่มีดิวเทอเรียม ซึ่งช่วยในการพัฒนายาที่เสถียรและมีประสิทธิภาพมากขึ้น นอกจากนี้ ยังถูกใช้ในเคมีวิเคราะห์เป็นสารมาตรฐานภายในในสเปกโตรเมตรีมวลสาร เพื่อเพิ่มความแม่นยำในการวัดปริมาณ และกลุ่มเมทิลที่ deuterated มีคุณค่าในสเปกโตรสโกปี NMR สำหรับการติดตามปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลและการวิเคราะห์โครงสร้าง