5-Fluoro-4-iodopyridin-3-amine ถูกนำมาใช้เป็นหลักในสาขาเคมีทางการแพทย์ในฐานะสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โครงสร้างของมันซึ่งมีอะตอมฟลูออรีนและไอโอดีนทั้งสอง ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่มีคุณค่าสำหรับการพัฒนาโมเลกุลที่มีศักยภาพทางชีวภาพ สารประกอบนี้มักถูกใช้ในการสร้างตัวยับยั้งคินาส ซึ่งจำเป็นในการกำหนดเป้าหมายเอนไซม์เฉพาะที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งและโรคอื่นๆ นอกจากนี้ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอโรไซคลิก ซึ่งถูกสำรวจอย่างกว้างขวางสำหรับคุณสมบัติบำบัดในกระบวนการค้นพบยา ความหลากหลายของมันในปฏิกิริยาเคมี เช่น การจับคู่ข้ามและการแทนที่ ยังเสริมสร้างการประยุกต์ใช้ในการออกแบบผู้สมัครยาใหม่