6-Fluoro-5-methylnicotinic acid ใช้หลัก ๆ ในการวิจัยทางเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (APIs) ต่าง ๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายารักษาโรคทางระบบประสาทและภาวะอักเสบ คุณสมบัติโครงสร้างทำให้เหมาะสำหรับการปรับเปลี่ยนโมเลกุลยาเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรร นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างสารประกอบใหม่สำหรับการบำบัดมะเร็ง โดยกลุ่มฟลูออรีนและเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับตัวรับ นักวิจัยยังนำมาใช้ในการศึกษาการโต้ตอบของเอนไซม์และกลไกการจับตัวรับ เพื่อช่วยในการค้นพบตัวแทนบำบัดใหม่