3-Chloro-4-methoxypyridine ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารตัวกลางสำหรับการผลิตยาชนิดต่าง ๆ ตัวอย่างเช่น มันสามารถใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านไวรัสหรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ ๆ หรือปรับปรุงกระบวนการผลิตให้มีประสิทธิภาพสูงขึ้น ในอุตสาหกรรมเกษตร อาจมีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีกำจัดศัตรูพืชหรือสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืชอีกด้วย