สารนี้ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ กลุ่มโบรโมเมทิลที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายทำให้มีคุณค่าต่อการนำเมทอกซีไพรีดีนเข้าไปในโมเลกุลซับซ้อน เพื่อเพิ่มกิจกรรมทางชีวภาพ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง ซึ่งโครงสร้างเมทอกซีไพรีดีนสามารถมีอิทธิพลต่อการจับกับตัวรับ นอกจากนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เพื่อช่วยปรับปรุงการป้องกันพืชผล ความเสถียรและการทำปฏิกิริยาใต้สภาวะอ่อนโยนทำให้เป็นสารเคมีที่หลากหลายในการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม