5-Chloro-6-hydroxynicotinaldehyde ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาทและการติดเชื้อ มันมีบทบาทในการผลิตสารประกอบที่มีคุณสมบัติต้านแบคทีเรียและต้านเชื้อราตามศักยภาพ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเคมีอินทรีย์เพื่อสร้างโมเลกุลซับซ้อน เนื่องจากมีกลุ่มอัลดีไฮด์และไฮดรอกซิลที่ทำปฏิกิริยาได้ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปสู่สารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารป้องกันพืช