(6-Fluoropyridin-3-yl)methanol ถูกใช้หลักๆ เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารประกอบเภสัชกรรมต่างๆ โดยมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่กำหนดเป้าหมายโรคทางระบบประสาท เช่น โรคอัลไซเมอร์และโรคพาร์กินสัน เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนกิจกรรมทางชีวภาพในระบบประสาทส่วนกลาง นอกจากนี้ ยังถูกนำไปใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการเตรียมยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช ซึ่งโครงสร้างฟลูออรีนของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเสถียร สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อเตรียมโมเลกุลซับซ้อน โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยพื้นฐานในการผลิตสารเคมีพิเศษ การประยุกต์ใช้ของมันยังขยายไปสู่การวิจัยและพัฒนา ซึ่งใช้ในการศึกษาสารประกอบฟลูออรีนและปฏิกิริยาของพวกเขาในระบบชีวภาพ